Детектив Конан: Алое алиби

События сериала сосредоточены на девушке по имени Ноль Два, обозначенной специальным кодом, как и другие персонажи в её окружении. В начале сюжета у главной героини наблюдаются проблемы с памятью неясного происхождения. Она помнит только факт заточения, но не события, предшествовавшие заключению. В её воспоминаниях периодически возникают фрагменты, связанные с женщиной, выполнявшей роль матери и оказавшей влияние на формирование её личности.

Со временем в памяти Ноль Два появляются детали о книге с иллюстрациями, которую принесла эта женщина. В ходе развития сюжета раскрывается, что несколько лет назад над героиней проводились эксперименты в лаборатории под названием «Сад». В этом месте Ноль Два встречает мальчика по имени Хиро, имеющего код Ноль Шестнадцать. Вместе они предпринимают попытку побега из лаборатории, но их задерживают практически сразу после начала действий.

В момент задержания Хиро даёт обещание жениться на Ноль Два. Однако после поимки беглецам полностью стирают память, в результате чего они забывают друг о друге. В дальнейшем Ноль Два начинает постепенно вспоминать человека, который был ей дорог, и принимает решение найти его, используя доступные методы. Её поиски становятся центральным элементом развития сюжета.